Kunskapsskolan har etablerat ett kompetenscentrum inom matematik och naturvetenskap vid Stockholms Observatorium i Saltsjöbaden.

Kunskapsskolans Naturvetenskapliga Centrum arbetar med utveckling av metoder och verktyg inom ämnena naturvetenskap och matematik, intensivkurser riktade mot specialintresserade elever på samtliga skolor och kompetensutveckling inom naturvetenskap och matematik för företagets lärare. Att skapa intresse för och inspirera till studier i naturvetenskap och matematik

Verksamheten inriktas på:

• Metod- och innehållsutveckling i syfte att kraftfullt driva utvecklingen vad gäller naturvetenskap- och matematikundervisningen för Kunskapsskolans skolor både vad gäller innehåll, metoder och verktyg.
• Samarbete och samverkan med omvärlden som till exempel naturvetenskapliga institutioner på universitet och högskolor, organisationer och näringsliv i syfte att hålla oss ajour med ämnesutveckling och forskning, liksom att informera och samverka mot samhället och allmänheten.
• Intensivkurser som syftar till att förstärka utbildningen för specialintresserade elever på samtliga skolor inom Kunskapsskolan genom mer avancerade utbildningsinslag. För eleverna på Kunskapsskolan gäller intensivkurserna i första hand en del av spetsprogrammet i matematik. På Kunskapsgymnasiet är intensivkurserna en del av utbildningen för alla elever som läser Naturvetenskapsprogrammet.
• Kunskapsskolans Naturvetenskapliga Centrum arbetar också med kompetensutveckling inom naturvetenskap och matematik för lärare.